本系成立於民國五十年，為創校的第四個學系之一。當時的校名是逢甲工商學院，本系隸屬於工學院。創校之初，校址設於台中市北屯區大坑觀音山。民國五十二年本系隨校遷至西屯現址。當時的工學管為一層建築物，本系的辦公室就設在工學館的一樓。民國五十三年成立本系首座水工試驗是，位於工學館一樓朝北一面，內有小型混泥土槽乙座，又工學館地下層設有實習工廠，為本系早期學生做流體力學實驗以及工廠實習的場所。

民國六十年，工學館改建為四層樓建築物，系辦公室遂遷至三樓，並且同一樓成立系圖書館及水文儀器室。民國六十一年在工學館樓頂設置水文觀測站，並在第一招待所旁邊空地上設置另一水文觀測站。儀器室和觀測站共配有自動溫度計、自動氣壓計、日照計、風速風向計等水文氣象儀器多種，進行各項氣象水文資料的紀錄與收集多年。民國六十二年六月二日本系召開教育顧問委員會，成員有虞兆中﹝後來曾任台大校長﹞、陳宗文﹝當時擔任達見水庫工程處處長﹞、戴之焌﹝本校教授﹞等多人，會中的結論工作本系日後發展的方針。民國六十二年應時代需求成立衛工試驗室，對於水質處理、水污染防治提供良好的實習與研究環境。

民國六十九年本校改制為逢甲大學，同年土木水利館落成啟用。本系系館再次搬遷，設於土水館三樓。此後，本系的各項圖書及實驗設備─陸續在土水館內擴充或增設。經過幾年的發展培育之後，本系 在師資、設備各方面，都有相當的進步，受到各方肯定，遂於民國七十四年與土木系共同成立土木及水利工程研究所，開始招收碩士班學生，大幅提升本系在學術研究以及工程實務方面的能力。更於民國八十六年成立博士班，民國八十八年成立碩士在職進修專班。 　

本學系之設立，旨在提供水利工程高深學術之研究環境及培育水利建設之人才。課程之安排由基礎科目循序漸進到高深學理，進而應用於實際工程建設。教學方法除課堂講授外，並佐以實驗、實習、影片欣賞、參觀活動和建教合作以達到理論與實際相互印證，使對各項問題均能詳加策劃、妥慎施工，成為一優良水利技師。
為配合國土開發計劃水資源之開發保育政策，以及河川地、山坡地及海岸地區等溼地之工程與環境生態平衡方針，本系將結合全系專任講師以上之研究人員，以服務社為、改善和提升教學品質為目標，積極參與集水區水資源保育利用、河川水理及河床演變、水庫淤積及營運操作、泥沙運移、地下水、坡地災害、海岸工程、水污染防治等相關課題之研究。茲分述如下：

1. 重點研究方向
為因應全球水資源環境之變遷及國內水資源之開發保育利用政策，本系依據各專任人員之專長，訂定未來之重點研究方向。其主要涉及領域包括水質工程、海岸工程、水庫集水區水資源保育利用、河川水理及泥沙運移、水資源系統分析、地下水污染傳輸及坡地災害等七大方向，及三十餘個相關課題。

2. 成立研究群
本系副教授級以上之研究人員，多數已參與國科會大型群體計劃，包括水庫淤積、地下水污染及土壤復育、集水區逕流模式、海岸空間利用、海岸溢淹災害防治和土石流防災等研究群體，並已獲得初步成果。今後本系將秉持既有的成果，鼓勵全系師生，積極參加校內外各種會議及論文研究會，吸收新的科技知識，並得以進入國科會或其他公民營機構之研究群體中從事研究工作，已提高本系在水利工程借之知名度。同時，本系亦已成立『系研究團隊』，目前正積極向經濟部水資源局申請『水資源科技發展方案』，另外將在選擇適當領域及課題，積極向外爭取計劃及經費，以厚植本系之研究實力。

3. 研究計劃
本系副教授以上專任教師，近年來積極爭取國科會研究計劃，近三年均持續增加，今年平均每人執行 1.25 個計劃，在制度面及環境面的多重限制下，殊屬難得，可見研究成果已深獲肯定，未來將盡力維持此一成果，甚或增長。至於參與其他單位之研究計劃及建教合作計劃方慢，近年均維持平均每人執行 1 個計劃，此部份渴望透過研究團隊之籌組與成熟，預見有增長的空間，未來三年期望逐年增加，達成前述國科會的規模。

4. 舉辦學術研討會
民國八十八年本系備推舉籌辦第十屆水利工程研討會，有 400 位左右水利屆學者、專家與會。本研討會為國內水利相關學術研討會中最大行者，透過此次研討會的籌辦經驗與實績，未來可再系務推動餘裕外，廣為爭取舉辦相關性學術研討會。 民國九十七年本系備推舉籌辦第十七屆水利工程研討會，有218篇投稿論文，且近400位專家、學者與會。

5. 拓展海峽兩岸學術交流
在國科會的支持之下，積極推動與大陸水利水電科學院泥砂研究所、武漢水利水電學願在河川整治、水庫泥沙淤積清除及泥沙運移等相關課題之合作計劃，適時引進經驗與技術，以強化本系之教學及研發能力。

6. 推動設置營建及防災中心
本系配合工學院積極推動成立『營建及防災中心』，整合本校相關資源及研究人力，推動大型研發計劃，並舉辦學術研討會、講習會，邀請國內、外知名學者做短期教學，以提升本系相關研水準級學校知名度。本中心已於 89 年 6 月掛牌成立。

7. 強化教研工作
在教學與研究之結合方面，本系自創系至今，一直都將大學部四年級『論文專題』內入必修課程，嚴格要求大學部學生參與本系專、兼任教師之研究課題，吸收治學研發之經驗，學以致用，效果相當地顯著。因此，本系仍將持續強化『專題實驗』之課程，並具體制定周全之『口頭報告』及『論文報告』，以結合全系師生共同參與各項研發工作，達成教學相長之教育方針。
本系早期我開的專業課程計有流體力學、水文學、灌溉與防洪工程、結構學、工程力學、工程數學、壩堰工程、衛生工程、鋼筋混凝土學、測量學、土壤力學、工程材料。隨著時代的變遷以及環境的影響，本系專業課程不斷地更新並大幅度增加，以配合時代及環境的需求，目前的專業科目，除上述幾門以外，計有下列各科：

【大學部】：
水質化學、水力發電、水質分析、工程經濟、明渠水利學、水土保持工程、給水工程、坡地災害、水文統計、都市水文學、基礎工程、河工與防洪、波浪學、應用流體力學、水資源系統分析概論、變量流導論、施工估價與防範、水工模型、地下水污染、工業廢水處理、水處理工程設計、工程統計、地理資訊喜統導論、結構設計、中等流體力學、水文水理軟體應用、數值分析、微分方程式數值解析、工程地質、水利工程概論、污水工程、流體力學試驗、水雯分析、水資源工程、水污染防治、地下水學、海港工程、海岸工程、輪砂概論、營建管理、環境影響評估、計算機在水利工程上之應用。

【研究所】：
波浪動力學理論、波譜分析、海岸及漂沙分析、進按流力學、邊界元素、防砂壩理論、多孔隙媒體流體力學、流體量度及儀表、山區河道輸砂、不可壓縮流、擴散理論與應用、水資源系統分析、時間序列分析、決策分析與風險評估、高等水文分析、計算流體力學、輸砂動力學、計算水利學、河口與海岸規劃、地下水數值模式、高含沙水流、河相學、土石流理論、沖蝕與環境、河川污染分析、都市排水分析、水資源人工智慧管理、水質工程特論﹝博士班﹞、多相流體動力學﹝博士班﹞、輸沙特論﹝博士班﹞、地下水污染特論﹝博士班﹞、水資源系統分析特論﹝博士班﹞、序率水文特論﹝博士班﹞、紊流特論﹝博士班﹞、微擾學﹝博士班﹞。

【碩士班在職進修專班】：
應用工程數學、河川工程、高等水文分析、河川污染分析、都市排水分析、河口與海岸規劃、環境影響評估導論、水土保持導論、水工結構分析、高等海港工程。 　

系徽

吉祥物-水獺(Otter)